中常侍张让宾客写给黄巾的信传给朝廷，得罪了张让。后来王允被朝廷以槛车徵回京，交由廷尉治罪。袁隗与何进、杨赐共同上疏为王允求情（史书原文称袁隗为太尉，但袁隗担任太尉不见于其他书记载）。
中平二年（185年）二月，司徒袁隗再度因久病而被罢免。 [17-18]后来袁隗担任后将军，在任时上表郑玄为侍中，但郑玄因居丧而没有出仕。
中平六年（189年），汉灵帝刘宏去世，少帝刘辩继位。朝廷下诏：“朕以眇身，君主海内，夙夜忧惧，靡知所济。夫天地人道，其用在三，必须辅佐，以昭其功。后将军袁隗德量宽重，奕世忠恪。今以隗为太傅录尚书事。朕且谅闇，委成群后，各率其职，称朕意焉。”于是，后将军袁隗升任太傅，与大将军何进参录尚书事。二人共同辅政。 [19-21]宦官杀死何进后，何进旧部举兵报仇。袁隗与其侄袁绍矫诏召宦官任命的司隶校尉樊陵、河南尹许相前来，然后将他们斩杀。 [22]同年，董卓进入朝廷，把持朝政。董卓商议废掉刘辩，拥立陈留王刘协，先把这事告诉袁绍，袁绍说：“这是国家大事，请到外边与太傅商议。”袁绍前后的发言触怒了董卓，最终横刀长揖而去。 [35] [54]之后，董卓把打算废帝的事情告诉袁隗，袁隗表示同意。 [23]董卓废掉刘辩之日，袁隗亲自解下了刘辩的玺绶。
初平元年（190年），袁隗之侄袁绍、袁术皆起兵于关东，讨伐董卓，董卓下令迁都长安。三月戊午日（5月10日），董卓指使司隶校尉宣璠将太傅袁隗、太仆袁基及身在京城的袁氏男女二十余人（一作五十余人）全部收捕下狱处死。董卓派人把袁氏男女的尸体全部埋在青城门外东都门内，而加书焉。之后董卓又担心有人盗取，于是把他们的尸体送到郿县藏起来。
初平三年（192年），董卓伏诛，汝南袁氏的门生故吏将埋葬在郿县的袁家人遗体挖出改葬。 [28]《续汉书》记载，袁隗曾被封为都乡侯，时间不明。
袁隗之妻袁隗的妻子马氏，字伦，是著名经学家马融的女儿。马伦从小很有才能，口才也好。马融家历代都是富家，嫁妆很丰盛。到刚完成婚礼时，袁隗问她：“妇人不过侍弄簸箕条帚罢了，何必这样过分珍奇美丽呢？”她回答说：“仁慈的亲人体恤怜爱，我不敢违抗命令。您如果要羡慕鲍宣、梁鸿的清高，我也请求让我仿效少君、孟光的事迹。”袁隗又说：“弟弟比哥哥先被提拔，世人以为可嘲笑。现在姐姐没有嫁出去，妹妹先行嫁人可以吗？”回
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